Вернувшись из Польши, в 1901 году И. Т. Савенков уходит в отставку и поступает на службу к сибирскому золотопромышленнику И. И. Некрасову на должность уполномоченного по управлению приисками и рудниками в Енисейской и Томской губерниях, где он и состоял до осени 1906 года. Савенков надеялся использовать поездки по службе для продолжения своих научных изысканий, однако такой возможности у него почти не было.